No ano de 1686 foram concedidas sesmarias  medindo sete léguas de comprimento por sete de largura acima do rio Sabugi e estendendo-se por uma légua abaixo da serra do Sabugi. As áreas foram entregues a Francisco Barbosa, José Barbosa Diniz, Antônio Martins do Vale e ao alferes Pascoal Rodrigues do Vale, considerados os primeiros sitiadores de povoação.
A região era habitada pelos índios Cariris, afastados da área após intensas perseguições feitas  pelos situantes, nos idos do século XVIII.
Com o afastamento dos Cariris, apresentaram-se no território vindos de Serra Negra e de Caicó, trabalhadores do campo em busca de novas terras para a implantação de lavouras e fixação de moradia.
A povoação realmente teve início a partir da doação feita por dona Ana Joaquina de Souza, viúva de Francisco Correia de Souza, em 1832, de uma faixa de terra da sua Fazenda São João para a construção de uma capela em homenagem a São João Batista.
Entre os primeiros povoadores pioneiros, destaca-se a figura do Tenente Antônio de Medeiros Rocha Filho,  lutador pelo crescimento da comunidade.
A primeira escola chegou à localidade no ano de 1855. Em 1868 o povoado foi elevado à categoria de distrito, com o nome inicial de São João do Príncipe. Vinte e dois anos depois, no dia 07 de Julho de 1890 o povoado de São João do Sabugi assumiu a condição de sede do município de Serra Negra entre o período que vai de 27 de Maio de 1932 a 13 de Dezembro de 1935, elevado a vila.
O então Prefeito de Serra Negra, José Maria de Souza Lima, o bisneto da fundadora Ana Joaquina, sonhava com a emancipação local, mas faleceu em 1944 sem ver seu sonho realizado.
No dia 23 de Dezembro de 1948, através da Lei nº 146, São João do Sabugi desmembrou-se de Serra Negra do Norte, tornando-se município do Rio Grande do Norte.